Üblicherweise werden so genannte Doppelhaushalte, jeweils für zwei Haushaltsjahre beschlossen. Das Haushaltsvolumen der VELKD und ihrer Einrichtungen ist im Vergleich zu den von der VELKD wahrgenommenen Aufgaben sehr moderat. Es beträgt derzeit jährlich ca. 4,5 Millionen Euro, hinzu kommt der Sonderhaushalt für Kirchen in Osteuropa mit einem Volumen von ca. 0,14 Millionen Euro.
Die Generalsynode beschließt den Haushalt. Der aus Mitgliedern der Generalsynode zusammengesetzte Finanzausschuss berät Generalsynode und Kirchenleitung in allen haushaltsrelevanten Fragen. Vorsitzender des Finanzausschusses ist Herr Gerhard Tödter aus der hannoverschen Landeskirche. Geschäftsführerin des Finanzausschusses ist Oberkirchenrätin Elke Sievers aus dem Amt der VELKD. Sie ist auch für den Haushaltsvollzug verantwortlich. Der Haushaltsvollzug wird jährlich durch das Oberrechnungsamt der EKD geprüft.